Tolokai nuo miestų kasdienybės, triukšmo ir dulkių, mašinų judėjimo Varėnos rajono Vilkiautinio kaimo sodybų apsuptyje puikuojasi LIŠKIAVOS PAGRINDINĖ MOKYKLA. Jos iškilumą ypač pabrėžia aukštos sidabrinės eglės, mokinių pasodinti ir kruopščiai prižiūrimi medeliai, aplink stūksantys tankūs miškai, vienas kitas kalnelis, už keleto kilometrų tekantis Nemunas.

Pirmą kartą Liškiavoje parapinė mokyklėlė paminėta 1782 m. Ji veikė Liškiavos vienuolyne, ir joje mokėsi 9 mokiniai. 1819 m. minima, kad Liškiavos parapijos mokykloje mokosi 34 berniukai. 1821 m. Liškiavos parapijos klebonas Jarmalavičius praneša valdžiai, kad mokykla veikia buvusiame vienuolyno refektoriume ir joje žiemą mokosi 54 vaikai, o vasarą – 21. Po 1831 m. sukilimo Liškiavos mokykla, kaip ir daugelis Lietuvoje, buvo uždaryta.

1899 m. caro valdžia Liškiavoje pastatė mūrinę mokyklą. Joje dirbo mokytojas rusas ir buvo dėstoma rusų kalba. Veikė keturios klasės. 1915 m. Liškiavą užėmus vokiečiams, šioje mokykloje pradėta vaikus mokyti lietuviškai. Tarpukario laikais mokytojavo Šidlauskas, Kutinė ir kiti. Tarpukario metais Liškiavos mokykloje mokėsi apie 50 mokinių, veikė ateitininkų, pavasarininkų, jaunųjų ūkininkų būreliai. Mokykla tebeveikė ir užėjus II pasauliniam karui. Po karo mokykla tebeveikė tame pačiame pastate ir 1947 m. ji buvo perorganizuota į septynmetę. 1949 m. mokėsi 58 mokiniai, 1950–51 m. – 62, 1951–52 m. mokykloje mokinių skaičius išauga iki 199 ir ji persikelia į naujas, buvusio vienuolyno, patalpas. Direktoriumi dirba Ūža Jonas, vėliau Juozas Mikelionis. Į penktą klasę mokiniai atvykdavo baigę Gailiūnų, Žeimių, Panaros, Vilkiautinio, Ricielių, Vieciūnų, Liepiškių pradines mokyklas. 1954–55 m. mokykla iš septynmetės pradeda peraugti į vidurinę. Atsiranda 8 ir 9 klasės, o 1958 m. išleidžiama pirmoji abiturientų laida. Vienuoliktą klasę baigia 19 mokinių. Klasės vadovas K. Krivelis. Mokykloje tuo metu mokosi 215 mokinių. 1964 m. mokyklos direktoriumi pradeda dirbti Algimantas Ragauskas. Būtent jo kūrybingo ir atkaklaus darbo dėka mokykla garsėja gera materialine baze, tvarka, estetine išvaizda. Mokykloje puoselėjamos tautinės tradicijos, daug dėmesio skiriama estetiniam mokinių lavinimui. Veikia mišrus choras, šokių, kraštotyros, sporto būreliai.

1975 m. greta esančiame Vilkiautinio kaime, kur buvo įsikūręs Liškiavos kolūkio centras, buvo pastatyta nauja vidurinė mokykla. Į ją po 1976 m. žiemos atostogų ir buvo persikelta.

Liškiavos vidurinė mokykla išleido 37 abiturientų laidas (538 moksleiviai). Dažniausiai mokyklos auklėtiniai rinkosi techninį, pedagoginį, ekonominį, žemės ūkio išsilavinimą.

1994 m. vidurinė mokykla reorganizuota į pagrindinę mokyklą. 1999 m. gegužės 22 d. Liškiavos mokykla šventė savo 100 metų jubiliejų. Šia proga prie senosios Liškiavos mokyklos susirinko daugybė garbingų svečių, buvusių mokytojų bei mokinių.

Nuo 2001 m. iki 2004 m. mokyklai vadovavo Irena Baliukonienė.

Nuo 2004 m. mokyklos direktore tapo Vita Barišauskienė.

Nuo 2014 m. rugsėjo 1 d. pakeista mokyklos struktūra. Liškiavos pagrindinė mokykla tapo Liškiavos mokykla-daugiafunkciu centru. (Varėnos r. savivaldybės tarybos 2014 m. balandžio 26 d. sprendimas Nr. T-VII-953). Šiuo metu mokykloje mokosi 49 moksleiviai, dirba 17 mokytojų.